Kovo 16 d. Lietuvoje paskelbus karantiną dėl COVID19 infekcijos plitimo, KKT ėmėsi atitinkamų priemonių savo darbuotojų ir klientų saugumui užtikrinti. Didžioji dalis administracijos personalo dirba nuotoliniu būdu, sugriežtinta lankymosi terminaluose tvarka – reikalaujama, kad krovinius pristatantys vairuotojai ir kiti lankytojai dėvėtų apsaugines kaukes, pirštines ir laikytųsi saugaus atstumo. Terminalo darbuotojai aprūpinti asmeninėmis apsaugos ir dezinfekavimo priemonėmis ir instruktuoti apie papildomus higienos reikalavimus siekiant išvengti užkrato.

Prevencinės apsaugos priemonės efektyvios – kol kas COVID19 infekcija nenustatyta nė vienam KKT darbuotojui.

KKT apdraudė savo darbuotojus specialiu draudimu nuo susirgimo koronavirusu, Tai papildoma motyvacinė priemonė, užtikrinanti finansinę paramą darbuotojams tuo atveju, jeigu dėl COVID19 infekcijos gydymo ligoninėje jie netektų dalies darbo pajamų.

​

Krovos darbai terminaluose vykdomi pilna apimtimi, tačiau krovinių srautai dėl pandemijos poveikio pasaulio ekonomikai ženkliai sumažėjo.